《放學後的偶像有一個秘密》的故事，是從國民偶像——黑宮玲的同班同學一一晝野陽知道了她的秘密後展開的青春愛情喜劇。傳說中的黑宮不僅容貌端正，頭腦也很聰明，對偶像事業和學業都能完美完成的她，晝野抱有尊敬之情。而一切的故事，則要從在考試中不及格的晝野在補習教室遇到了意想不到的人物開始說起……